但隨著阿里巴巴股權問題的解決，他已經看到了勝利的曙光。過去的18個月，對阿里巴巴集團創始人兼主席馬云來說，是一段非常艱難的時期。期間，阿里巴巴集團旗下的B2B公司深陷欺詐丑聞，而
淘寶網更是被美國指責公開售假。
去年秋天，淘寶網提高了商城的開店保證金，這引起了商家的不滿，一些商家還來到位于馬云家鄉杭州的阿里巴巴總部門前進行抗議。
“我一直把自己當做創業者的擁護者，而提高市場準入門檻對打擊售假是非常有必要的。但沒有人相信我，我感到非常孤獨。”馬云說。
但馬云現在已經看到了曙光。
5月21日，阿里巴巴先后與雅虎、軟銀達成了一系列協議。協議包括，阿里巴巴向雅虎支付71億美元，從而獲得后者持有的阿里巴巴集團40%股權的一半；雅虎與軟銀同意將其持有的阿里巴巴集團投票權降低至49.9%；允許在香港上市的阿里巴巴B2B進行私有化。
這一系列交易使阿里巴巴集團向實現整體IPO的目標更近一步。馬云表示，集團整體IPO還需要幾年時間，并有可能成為中國互聯網歷史上最大的一次IPO。屆時，馬云將向批評他的人證明，他也可以建立一家可持續發展的公司。
去年經歷的一些困難表明，阿里巴巴已經從一家小公司變成了一個高速擴張的王國。目前，阿里巴巴在美國、英國、日本、韓國、印度都設有分支機構，而淘寶網和2008年成立的天貓，則在中國電子商務市場占據主導地位。
據易觀國際公布的數據顯示，淘寶網與天貓的交易額占中國網購市場的71%，絕大多數買家都使用支付寶。而雅虎公布的截止2011年9月30日的第三季度財報顯示，阿里巴巴集團的營收為23億美元，凈利潤2.68億美元（以上收入不包括在香港上市的阿里巴巴B2B）。
市場人士認為，阿里巴巴需要更加專注才能保持增長趨勢。但馬云表示：“除了生意之外，我想要享受其他事物。”
馬云很少上網，對技術也不感興趣，但他喜歡打撲克，研究中醫，還會和電影明星李連杰一起推廣太極。
環保是馬云另外一個感興趣的領域，他在2010年成為了大自然保護協會的董事。但對中國政府來說，他們對阿里巴巴的業務更感興趣。
馬云認為，只要把阿里巴巴做好，創造更多就業機會，就能讓政府更加了解阿里巴巴。他說：“當有百萬家小企業使用你的網站，每天產生數十億交易額的時候，政府就會想要更多的了解這個家公司。”
在經歷了2011年的欺詐丑聞和假貨風波后，馬云與政府官員會談了四五十次。馬云說：“我會盡最大的努力向他們解釋，確保他們能夠了解我們在做什么。”馬云希望讓全世界知道阿里巴巴對待打假的堅決態度，該公司還聘請前美國政府官員詹姆斯·門德海爾(James Mendenhall)在華盛頓與美國政府進行溝通。
淘寶網則表示，該網站僅在2011年就處理了6300多萬條侵權商品信息。淘寶網的努力也獲得了美國貿易代表辦公司的認可。
市場競爭加劇也是馬云和阿里巴巴必須面對的挑戰。摩根大通預計，2012年，中國電子商務市場將達到1730億美元，同比增長42%。高速發展的電子商務市場，吸引了大量的競爭對手。今年2月，沃爾瑪宣布收購上海的電子商務網站1號店，而京東商城也獲得了由俄羅斯DST等投資者提供的15億美元資金。5月底，淘寶網主要的競爭對手騰訊宣布向其電子商務業務投資10億美元。
RedTech 咨詢公司總經理邁克爾•克萊德(Michael Clendenin)認為，阿里巴巴將面臨激烈的競爭。克萊德說：“其他競爭對手都持有庫存，并且自己運營成本極高的快遞網絡。而淘寶網和天貓將這些低利潤業務交由賣家處理，只從商鋪年費、廣告和基礎設施支持等方面獲得利潤。”
克萊德說：“他會是最終的贏家。在電子商務領域，馬云就是莊家，而莊家總是最后的贏家。”
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